Les semences, arrivées en banque, sont placées en quarantaine pour éliminer les risques d'infestation ou de contamination par des insectes, des mycètes ou d'autres parasites. Par la suite le matériel doit être enregistré dans la base de données de la Banque et, doit être soumis à la " preuve de la coupe " avec l'utilisation d'un nombre limité de semences, pour vérifier l'intégrité et la validité du matériel végétal prélevé (Manuale APAT, version 8.0). Les semences sont, ensuite, séparées des fruits, nettoyées des débris (rameaux, feuilles et petites pierres) et mises dans des boites (en plastique, papier, aluminium etc.) et conservées (pour un mois environ) dans chambres à température inférieure à 20°C et avec une humidité relative inférieure à 40%; chaque 2 ou 3 jours les semences sont mélangées pour assurer l'uniformité du traitement et favoriser l'aération et, ainsi, la déshydratation (Manuale APAT, version 8.0). Cette période, dite de post-maturation, est nécessaire pour obtenir des échantillons homogènes. Les semences, qui souvent sont récolté à différents degrés de maturité, doivent compléter leur maturation, indispensable pour favoriser la germination (Schmidt et Joker, 2001).

Post-maturation: les accessions sont laissées dans les chambres de stockage pour favoriser une déshydratation douce et une maturation " physiologique " (© 2005 Pablo Ferrer - CIEF; L. Podda - CCB).

La gestion du matériel végétal se poursuit avec la recherche d'information. Pour les espèces moins connues, il faut effectuer une recherche bibliographique sur les données morphologiques et anatomiques et une observation des semences au stéréoscope aussi. Le test d'évaluation du contenu hydrique intérieur de la semence (moisture content) permet d'établir des catégories de semences (orthodoxe, intermédiaire ou récalcitrante) et d'évaluer en conséquence leur tolérance à la déshydratation et à la conservation aux basses températures.